Según lo establece la Ley 6333 en su Artículo 30, la estructura orgánica y funcional del Iscamen cuenta con un Consejo Asesor conformado por cinco representantes titulares y cinco suplentes de los diferentes oasis productivos de la provincia y el sector transporte.

Los representantes que forman parte del Consejo Asesor de la actividad privada en el Iscamen, pertenecen a organizaciones representativas del sector productivo, con personería jurídica y debidamente autorizadas para funcionar. Se desempeñan por dos años y cumplen sus funciones ad honorem.

Entre los temas de injerencia del Consejo Asesor se destacan emitir dictamen previo no vinculante sobre el plan anual de actividades, declaración de estado de emergencia fitozoosanitaria y determinación anual del valor de los aranceles por servicios y controles que se prestan, entre otros.

Los dictámenes y opiniones del Consejo Asesor no son de carácter vinculante, pero en caso de disidencias se deberán fundar adecuadamente en los actos resolutivos las razones que motivaron la decisión adoptada, y dejar expresamente determinados los puntos de disidencia con el Consejo Asesor